Natural de Villanueva de la Fuente, fue el penúltimo presidente de las Cortes Ordinarias. Nació en el seno de una familia acomodada el 17 de noviembre de 1753. Su padre era el Hidalgo Don Francisco de la Dueña y Nova, natural de Almedina, y su madre era Doña Juana María de Cisneros Molina y Peñalver.
Marchó a Salamanca para cursar estudios superiores como becario del Colegio Mayor de Toledo. Obtuvo por oposición una plaza en la Universidad de Toledo y después una Canonjía doctoral de la Catedral Primada.
Posteriormente fue canónigo doctoral de la Catedral de Salamanca, Catedrático de la misma universidad, Caballero de la orden de Carlos III, Obispo de la Seu de Urgel y copríncipe de de Andorra (etapa en la que protegió a sacerdotes huidos desde Francia por la revolución), obispo de Segorbe.
El diciembre de 1812 se refugió en Mallorca debido a la ocupación francesa de la península. Desde allí escribió junto a otros obispos una instrucción pastoral denunciando las innovaciones religiosas de las Cortes de Cádiz y los ataques de la prensa contra la Iglesia. Fue elegido diputado de las Cortes ordinarias de Cádiz el 17 de mayo de 1813 y llegó a ser presidente de las mismas entre el 1 y el 30 de abril de 1814.
Después de ello volvió a Segorbe, se ausentó de la diócesis por enfermedad y regresó en 1820 apoyando las ideas progresistas del nuevo gobierno tras el pronunciamiento de Riego. Murió en Madrid el 8 de noviembre de 1821 al poco de ser nombrado Consejero de Estado por el nuevo gobierno.
Una prueba evidente de la relación que este personaje tuvo con Villanueva de la Fuente es la donación de tres cálices de plata sobre dorada con una inscripción que indica ser donativo de Francisco Antonio de la Dueña y Cisneros en 1800. Actualmente también podemos encontrar huellas de su pasado villanovero con un busto a su memoria.
Un personaje anclado en el nacimiento del Liberalismo y de la modernidad de España y encarna en cierto modo, el cambio de mentalidad de la época.
Nació el día 17 de noviembre del año 1753, en Villanueva de la Fuente, según aparece en la partida de bautismo, fue inscrito y bautizado el 21 de noviembre, cuatro días después de su nacimiento por el cura D. Francisco Cuenca.
Fueron los padrinos del bautizado sus tíos, D. Francisco Cisneros, uno de los presbíteros de San Pedro en Villanueva y Dña. Inés de la Dueña.
Su padre se llamaba D. Francisco de la Dueña y Alcalde Ordinario por el estado noble, su madre Dña. Juana Cisneros Amores.
Fallece nuestro personaje el año 1821, el día 8 de Noviembre, en Madrid, donde se encontraba ocupando el cargo de Consejero de Estado. Aunque resulta un desconocido para Hervás, que ni lo menciona en su Diccionario sobre la Provincia de Ciudad Real.
Cursó estudios en la Universidad de Salamanca como becario del Colegio Mayor de Toledo a cuya diócesis pertenecía Villanueva, donde se doctoró y llegó a ser lector de derecho canónigo. Obtuvo luego, por oposición, una cátedra en la Universidad de Toledo, y después la Canongía Doctoral de la Catedral Primada. Ocupando este cargo fue presentado y elegido Obispo de Seo de Urgell el 24 de Julio de 1797. Siendo consagrado el 22 de Octubre del mismo año en Madrid, en la iglesia de San Felipe el Real, que pertenecía a los agustinos, tomando posesión el 29 de Octubre de 1797.
El año 1800 hizo donación a la Parroquia de tres cálices con la inscripción que indica ser donativo de Don Francisco de la Dueña, obispo de Urgell y caballero de la Orden de Carlos III.
Como consecuencia del concertado establecido el 1801 entre la Santa Sede y la República francesa, el año 1803, las veintidós parroquias de Cerdeña que habían sido cedidas a Francia por el Tratado de los Pirineos (1659) fueron segregadas del restablecido de Elna-Perpiñán. Por la misma razón, el año 1804, las veintinueve parroquias del Valle de Arán pertenecientes hasta aquel momento al obispado de San Bertrán de Comenge, suprimido por aquel concordato, pasaron al de Urgell.
En 1813 fue elegido diputado y en las Cortes de 1814 le nombraron Presidente de la Comisión que recibió a Fernando VII.
Por Mayo de 1814 su salud comenzó a debilitarse.
El día 23 de Septiembre de 1816, Fernando VII le presenta para el obispado de Segorbe, sustituyendo a su antecesor en la Diócesis don Francisco Lorenzo Alaguero, casi seis meses después del fallecimiento, tomó posesión por procurador el 31 de Diciembre; y a principios de Febrero del siguiente año 1817, llegaba de incógnito a la ciudad mitrada, instalándose en Palacio episcopal. Y e día 23 de ese mismo mes de Febrero, hacía Don Francisco de la Dueña, su entrada solemne desde el Convento de Capuchinos.
Encontrándose enfermo el 28 de Marzo de 1819, el obispo segobricense despediase del cabildo, previa designación de gobernador eclesiástico que recaería en la persona de su Provisor Don Juan Gómez de Hado, retirándose a su pueblo Villanueva de la Fuente.
La sublevación de Riego en el año 1820 y el restablecimiento de la Constitución de 1812 exigiendo la juraran tanto el Rey como su hermano Carlos y la diócesis de Segorbe también prestó el juramento requerido, todos estos acontecimientos le cogieron en Villanueva de la Fuente.
El 25 de Octubre, al día siguiente de escribir sus cartas, decretaba el Gobierno la supresión de todas las ordenes monásticas. Y por otro decreto de la misma fecha, derogaba la ley del "fuero eclesiástico". Pocos días después, el Gobierno Constitucional, nombraba a Don Francisco Antonio de la Dueña y Cisneros, Consejero de Estado, donde tuvo que conocer e intervenir en la ejecución del decreto de supresión de muchos conventos, no solo como obispo en su diócesis, sino también como consejero de Estado en el resto de la nación. Aunque fueron muchas sus gestiones en pro de la conservación de muchos de la diócesis.
El 2 de Marzo, comunicaría al cabildo su desplazamiento a Madrid, designando para el gobierno de la diócesis a dos capitulares, siendo este su último viaje, pues unos meses más tarde su salud fue minada y quebrantada estando aún en la capitalidad de la Corte en Madrid. Falleciendo el día 8 de Noviembre del año 1821 en el mismo mes de su nacimiento.
Es de suponer que un personaje de esta altura social, religiosa y política, no pudo dar los cambios que produjo en su vida e ideología por pura coyuntura personal, parece más razonable pensar, que esta actitud responde a lo más conveniente para España y la Iglesia en ese período social y político.
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